Стандартный менеджер пакетов APT медленный. Загрузка в один поток через, обычно, медленные зеркала (поскольку не оптимизирует их из коробки). Кроме того, у него нет истории, поэтому откат установки/удаления пакетов может быть очень неприятным. Nala (:octocat: https://github.com/volitank/nala) прекрасно с этим справляется, к тому же, она еще и делает это красиво.